TIVMI



plug-ins list of TIVMI

NameDescription
Operations Pack Contain a list of simple plug-ins for basic operations. Please, read the FAQ for more informations.
Contient une liste de plug-ins simple pour faire des opérations de base. Consulter la FAQ pour plus d'information.
Read Tso Read tso files: internal file format of TIVMI. Allows to store any object
Lecture des fichiers tso: format interne à TIVMI permettant de stocker tous les types d'objets gérés par TIVMI.
Save Tso Save tso files: internal file format of TIVMI. Allows to store any object.
Sauvegarde au format tso: format interne à TIVMI permettant de stocker tous les types d'objets gérés par TIVMI.
Read DICOM using DCMTK Read DICOM files using the DCMTK library.
Lecture des fichiers DICOM en utilisant la bibliothèque DCMTK.
Read DICOM using ITK Read DICOM files using ITK library
Lecture des fichiers DICOM en utilisant la bibliothèque ITK.
Read img/hdr Read Analyse file format for 3D images: img and hdr.
Lecture des images 3D au format Analyse: img et hdr.
Save img/hdr Save Analyse file format 3D images: img and hdr.
Sauvegarde des images 3D au format Analyze: img et hdr.
Read Raw Read RAW 3D images: you must know image dimensions and voxel dimensions to use this plug-in.
Lecture des images 3D au format raw: vous devez impérativement connaître les dimensions de l'image ainsi que les dimensions du voxel pour utiliser ce plug-in.
Read Pgm3d Read pgm3d 3D images file format.
Lecture des images 3D au format pgm3d.
Read Png set Read a set of png images as a 3D image.
Lecture d'une série d'images au format png.
Read stl Read ASCII and binary stl mesh file format.
Lecture des maillages au format stl ASCII et Binaire.
Read obj Read obj mesh file format (wavefront). TIVMI does not support textures yet.
Lecture des maillages au format obj (wavefront). Pour l'instant, TIVMI ne gère pas les textures sur maillage.
Lecture pts Read point spread ASCII pts file format. This format has several names, but it is a list of 3D coordinates x, y, and z for points, optionally followed by 3 floating point numbers as the normal, and optionally followed by 3 integers as RGB (one byte per component). The RGB can also be one byte for a grey component.
Lecture des nuages de points au format pts, xyz, txt ASCII. Ce format porte un tas de nom, mais il s'agit d'une liste de points aux coordonnées x, y, et z, suivis optionnellement de 3 flottants pour la normale, suivis optionnellement d'un triplet d'entiers RGB pour la couleur (un octet par composante), ou d'un niveau de gris sur un octet.
Save obj Save mesh to an obj file format (wavefront).
Sauvegarde des maillages au format obj (wavefront).
Save tiff Save a 3D Image in a tiff file format, using 16 bits per image if necessary.
Sauvegarde une image 3D dans un fichier tiff avec 16 bits par coupe si nécessaire.
Radio Reslice Reslice a 3D image along a 3D plane and save it directly to a 2D radio file as tiff 16 bits file format. This allows to save memory compared to plugins reslice and saveToRadioTiff successively invoked.
Reslice une image 3D selon un plan et sauvegarde directement le résultat dans une radio au format tiff 16 bits. Permet d'économiser de la mémoire par rapport à l'enchaînement des plugins reslice et saveToRadioTiff.
Save radio tiff Save all slices of a 3D image into one radio image as tiff 16 bits file format. All slices are collapsed in one to make the radio effect.
Sauvegarde les coupes d'une image 3D en une seule image radio au format tiff 16 bits. Toutes les coupes sont écrasées en une seule pour faire une radio.
Mesh projection to png Compute the orthogonal projection of each vertex of a mesh to a 3D plane a save it to a png image. The thickness of the area to compute can be set, as the resolution of the targeted image.
Projette les vertices d'un maillage sur une image png orthogonalement à un plan dans une image au format png. L'épaisseur de la zone à projeter est paramétrable, ainsi que la résolution de l'image à calculer.
Automatic Threshold Threshold a 3D image. The threshold is the mean between the minimal and maximal grey level encountered in the image.
Seuillage automatique d'une image 3D. Le seuil est la moyenne entre le niveau de gris minimal et le niveau de gris maximal de l'image.
Simple Threshold Threshold a 3D image using a threshold given by the user.
Seuillage d'une image 3D selon un seuil définit par l'utilisateur.
Double threshold Threshold a 3D image using 2 thresholds given by the user. Voxels grey level between those two thresholds are kept.
Seuillage d'une image 3D selon un double seuil définit par l'utilisateur. Les voxels retenus seront ceux dont le niveau de gris est compris entre les 2 seuils.
Orthogonal slice Computes 2 orthogonal 3D images. Usually, the original 3D image is axial, so orthogonal 3D images will be frontal and sagittal. If voxels are not isometrics, pixels in memory will not be either. Orthoslices are computed without any degradation. Read the FAQ for more details.
Calcul des images 3D orthogonales à l'image 3D d'origine dans les 2 autres plans de l'espace. Généralement, l'image 3D d'origine est axiale, et les 2 orthoslices seront frontal et sagittal. Si les voxels ne sont pas isométriques, les pixels en mémoire ne le seront pas non plus. Les orthoslices sont donc calculés sans dégradation du scanner d'origine. Lire la FAQ pour plus de détails.
HMH Compute all 3D points using HMH method along a 3D segment. The HMH value is configurable.
Calcul des points 3D par HMH sur un segment 3D. La valeur du HMH est paramétrable.
HMH on plot Compute all 3D points using the HMH method on a plot profile already computed.
Calcul des points 3D par HMH sur plot déjà calculé.
Plot profile Compute a plot profile of 3D image voxels crossed by a 3D segment.
Calcul du profil de voxels d'une image 3D traversée par un segment 3D.
3D image histogram Compute the histogram of a 3D image and store it into a plot.
Calcul de l'histogramme d'une image 3D et le stock dans un plot.
Crop 3D image Crop a 3D image using a bounding box. This allows to save memory.
Découpe d'une image 3D selon une boite englobante. Permet d'économiser de la mémoire.
Image skeleton Compute the gravity center of a single slice from a 3D binary image.
Calcul du centre de gravité d'une forme sur une seule coupe sur une image 3D seuillée.
2D5 skeleton Compute the gravity center of a maximum of slices on a 3D binary image.
calcul du centre de gravité d'une forme coupe par coupe sur un maximum de coupe sur une image 3D seuillée.
Reslice Reslice a 3D image along a 3D plane and makes a new 3D image.
Reslice une image 3D selon un plan et crée une nouvelle image 3D.
Marching Cube Compute a mesh from a 3D binary image using the method of marching cube. This plug-in is experimental and under improvements.
Calcul d'un maillage à partir d'une image 3D seuillée selon la technique du Marching Cube. Plug-in expérimental en cours d'amélioration.
HMH Surface Compute a mesh from a 3D image and a threshold using the HMH method. This is an experimental plug-in under improvements. This can generate troubles on the mesh like isolated vertices, holes, and crossing faces.
Calcul d'un maillage à partir d'une image 3D et un seuil selon la technique du HMH. Plug-in expérimental en cours d'amélioration. Génère des maillages avec des aberrations topologiques (sommets isolés, trous, intersections de faces, etc).
HMH Surface 2 Compute a mesh from a 3D image and a threshold using the HMH method. This is an experimental plug-in under improvements. This plug-in is supposed to replace the HMH surface fixing minor troubles.
Calcul d'un maillage à partir d'une image 3D et un seuil selon la technique du HMH. Plug-in expérimental en cours d'amélioration. Destiné à remplacer le HMH Surface en corrigeant les aberrations topologiques.
Morph Meshes Compute a mean mesh of 2 meshes using a mixing parameter. This is a kind of morphing.
Calcul d'un mesh moyen entre 2 meshs selon un coefficient de mélange. Sorte de morphing.
Segmentation HMH refinement Refine a segmentation using iterations of HMH computation. This plugin is under contruction. Don't use it.
Raffine par itérations successives une segmentation en utilisant le HMH sur les données d'origine. En cours de développement. Ne pas utiliser.
Segmentation refinement and surface construction using HMH Segmentation HMH refinement and HMH surface chained. Under construction. Don't use it.
Compilation des plugins de raffinement et de surface par HMH. En cours de développement. Ne pas utiliser.
Intersection between a straight line and a mesh Return a list of 3D points, intersections between a straight line and a mesh.
Revoie la liste des points d'intersection entre les faces d'un mesh et une droite.
Voxelize Create a new 3D image from a mesh by slicing and discretizing it.
Crée une image 3D en voxellisant un mesh
Gaussian Blur computes a new 3D image, copy of the source, and apply a gaussian blur with a customizable 3D mask.
Calcule une nouvelle image en appliquant un flou gaussien via un masque 3D paramétrable.
Merge 3D images Create a new 3D Image which is a copy of a first image, extended to cover a second image given as arguments. Extension is only available for the Z axis of the first image.
Crée une nouvelle image 3D, copie de la 1ere, et agrandie pour recouvrir la seconde données en arguments.
L'agrandissement n'est opéré que sur l'axe Z de la 1ere image.
Save Ply Save a mesh to the Stanford ply file format
Sauvegarde un mesh au format ply de Stanford
load PLY Load PLY Stanford file format.
Lit les fichier au format PLY de Stanford
Subject (restricted access)Morph a template mesh of a head on a skull.
Déforme un mesh de tête sur un crâne.
Save Image 3D to Amira MeshSave a 3D image in the .am (Amira mesh) file format. (experimental)
Enregistre ine image 3D dans le format .am (Amira mesh). (experimental)
Save Path 3D to obj SplineSave a path 3D as a spline in obj file format
Sauvegarde un path 3D en spline au format obj
Load Obj SplineLoad a obj spline as a path3D
Charge une spline obj en path3D
Save segmented Image 3D to Amira labelsSave a segmented 3D image to the Amira labels file format.
Sauvegarde une image 3D segmentée en label Amira
Save to SvgSave a coplanar path 3D to svg file format
Sauvegarde un Path 3D coplanaire au format Svg
Crop a 3D Image with a bounding sphereCrop a 3D Image using the smallest bounding box containing the sphere. The sphere is described as a segment3D representing its radius. The first point of the segment must be the center of the sphere.
Découpe une Image 3D en utilisant la plus petite boundingbox contenant la sphère. La sphère est décrite par un segment 3D représentant son rayon. Le 1er poinr du segment doit être le centre de la sphère.
Switch to black any voxel out of the bounding sphere Switch to black any voxel out of the bounding sphere. The sphere is described as a segment3D representing its radius. The first point of the segment must be the center of the sphere.
Change les voxel à l'extérieur de la sphère en noir. La sphère est décrite par un segment 3D représentant son rayon. Le 1er poinr du segment doit être le centre de la sphère.
Read VFFRead 3D image in VFF file format (GE microview files)
Lecture d'une image 3D au format VFF (fichiers microview de GE)
Save to VFFWrite a 3D image to VFF file format (GE microview files)
Enregistrement des images 3D au format VFF (fichiers microview de GE)
Compute a plane to lie the mesh on Compute the plane the closest to 3 given points to lie the mesh on. The 3 points can be constrained to quadrants
Calcule un plan au plus proche des 3 points donnés pour y faire reposer le mesh. Les points peuvent être contraints dans des quadrants.
Create 2 planes around a mesh with a customizable bench vice Create 2 planes around a mesh with a bech vice orthogonal to a plane and parallel to a straight line, with variable height.
Créé 2 plans autour d'un mesh avec un étau perpendiculaire à un plan et parallèle à une droite avec une hauteur variable.
Create 2 planes around a mesh with a bech vice orthogonal to a straight line Create 2 planes around a mesh with a bech vice orthogonal to a straight line. The straight line represents the bench vice screw.
Créé 2 plans autour d'un mesh avec un étau perpendiculaire à une droite. La droite représente la vis de l'étau.
Create 2 planes around a mesh with a bech vice orthogonal to a straight line and limit the mesh between 2 planes Create 2 planes around a mesh with a bech vice orthogonal to a straight line. The straight line represents the bench vice screw. Only vertices between 2 given planes will be tested
Créé 2 plans autour d'un mesh avec un étau perpendiculaire à une droite. La droite représente la vis de l'étau. Seuls les vertices entre 2 plans données seront testés.
Save a mesh to Stl file formatSave a mesh in the STL file format as binary or ASCII. Normals are not exported yet
Sauve un mesh au format STL en binaire ou en ASCII. Les normales ne sont pas encore supportées
Load a VFF Image stack Loads a path containing several vff files as a unique 3D image
Ouvre un dossier contenant des fichiers vff et créé une image 3D.
Load TIFF image stack Opens a folder containing TIFF files as gray level images. 8 or 16 bits per pixel are supported. Voxel size is set to 1x1x1. You can change it in TIVMI after loading files.
Ouvre un dossier contenant des images en niveaux de gris au format TIFF. Les images en 8 ou 16 bits sont supportés. La taille du voxel est 1x1x1 par défaut. Vous pouvez le changer dans TIVMI après avoir ouvert les fichiers.
Save 3D image to csvWrite a 3D image in a csv file where column 1, 2 and 3 are the x,y,z coordinates of a voxel, and column 4 is the grey level.
Crée un fichier csv dans lequel les 3 premières colonnes sont les coordonnées x,y,z du voxel, et la colonne 4 est son niveau de gris.
Downsample Image3DCreate a new 3D image as a copy of the one given as input, but down-sampled to new dimension given as input too.
Crée une nouvelle image 3D, copie de l'image donnée en entrée, et dégradée aux dimensions données aussi en entrée.
Load CSV file as 3D PointsLoads a CSV file and create a 3D point for each entry. Format must be: name;x;y;z
You can choose another delimiter
Lit un fichier CSV et créé un point 3D pour chaque entrée. Le format doit être: nom;x;y;z
Vous pouvez choisir un autre délimiteur.
Savec material surface to CSVComputes the surface of each material on each slice dans save it in a CSV file.
Calcule la surface de chaque matériau sur chaque coupe et sauvegarde le résultat dans un fichier CSV.
Read msh Read MSH file format.
Lecture des maillages au format MSH.